В структуру ТФОМС входят 10 филиалов, расположенных в городах Красноярского края. Около 200 медицинских организаций за счет средств системы ОМС обеспечивают медицинскую помощь почти для трех миллионов жителей региона. Обязательное медицинское страхование проводят 8 страховых медицинских организаций.
Основные источники доходов Фонда – страховые взносы на ОМС населения и средства Федерального фонда на выполнение программы ОМС.